衡阳水文始于1932年8月。中华人民共和国成立后,于1958年成立衡阳专署水文分站,原址位于衡阳市草后街。
1962年底,根据中发〔62〕503 号文件精神,衡阳、零陵、郴州三地区水文机构上收合并,成立湘水第一水文分站,1965年迁到现址:衡阳市幸福路9 号。
1966年底,因水文体制改变,原湘水第一水文分站撤销,按行政区划分别组建了衡阳、零陵、郴州三个地区水文分站。
1980年,三地区水文分站又合并在衡阳成立了湘水第一水文勘测队。
1984年,划出零陵地区后,成立湘水第二水文勘测大队,管辖范围为衡阳、郴州两地区。
1991年8月,经省编委批准,更名为衡阳水文水资源勘测大队,明确为副处级事业单位。
1995年4月,更名为衡阳水文水资源勘测局。
2008年1月1日,划出郴州地区,从湘潭水文局接管衡山、甘溪两站,实现了按行政区域的行业管理,所属水文站均属衡阳地区范围内。
2010年4月,经市编委批复同意,加挂“衡阳市水文局”牌子,实行省、市双重管理体制。
2011年,机关实施参照公务员法管理。
衡阳水文水资源勘测局机关现设置有7个科室、1个水环境监测中心;下辖10个水文站、78个雨量观测站、2个土壤墒情站、6个洪水预报断面。全局共有职工139人,其中在职职工74名、退休人员65名。在职职工中,局机关31人,各区县市测站43人。
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